По результату:
Две версии (WotC+Vanilla и старая Vanilla+Long War 2) на одной операционной системе уживаются комфортно. Новая версия (Vanilla+WotC) создаёт свою конфигурационную папку в "Мои документы", которая называется не XCOM2, а XCOM2 War of the Chosen, кроме того, в реестре у них различные сигнатуры.
По геймплею сейчас WotC несравнимо лучше LW2 (при всей моей любви к серии Long War). Единственное, о чем скучаю - это формирование отдельных отрядов.
UPD: может быть, для отдельных отрядов есть мод, или возможно скопировать в WotC какие-то блоки из скриптов LW2 для того, чтобы это появилось в WotC?